软件著作权证书是基于软件代码进行登记后，获得的著作权证书，主要保护的是软件的代码，换个方式说，如果人家不是复制或重制软件的代码，那基本上就不侵权，相同的软件功能如果用不同代码实现，那就不侵权。
软件专利证书是专利，是基于软件功能及技术，申请发明专利授权后取得的专利证书。其实严格上来说，没有软件专利证书一说，只有基于软件功能的发明专利证书。基于软件功能或技术取得的发明专利保护的是软件的功能，以上面的案例来说，换到专利保护，不管你是用什么代码，只要功能被专利的权利要求保护范围覆盖，那就是侵权。
所以著作权跟专利是两种不同的保护维度，获得的周期也不一样，软件著作权主要是进行登记，只要文件备齐一般4-6个月应该就可以拿证书，走加急大概就一个多月。发明专利需要进行技术审查，审查员会找现有技术进行比对，中间可能还需进行答辩，一般正常的审查周期比较长大概要2-3年，更长的也有，当然，符合特定条件可以走加急，加急有两种方式，最快3-6个月授权，另一种大概8-10个月授权。